Perfecto @Luis1, le respondo dentro de mis conocimientos…
En el supuesto que plantea todo dependerá de como se hayan hecho las cosas, pero no debería de suponer ningún problema.
En lo referente a la obra física, dado que se modifican elementos estructurales de las viviendas, es una obra mayor y deberá acomenterse tras pedir permiso al ayuntamiento, habiendo presentado un informe del proyecto por parte de un arquitecto.
En cuanto a la comunidad de propietarios/vecinos del bloque, siempre y cuando se mantengan las dos puertas físicas al rellano, no pueden oponerse a la unión de las viviendas. Si no se mantuvieran ambas puertas, se estaría modificando un espacio común de la propiedad y requeríria permiso de la comunidad.
Respecto a la hipoteca y la transacción en si misma, no hay ningún problema, se puede conseguir una hipoteca; lo único que habrá doble de gastos en notaría, registro, gestoría, etc al tratarse de dos escrituras.
Por otro lado, en lo que concierne a la cedula de habitabilidad, dependerá de la comunidad autonoma (por ejemplo Cataluña es la más restrictiva); pero si por ejemplo compra en Madrid, para la obra de segunda mano no se requiere. En cualquier caso, hoy en día se puede solicitar por internet y no debería de suponer problema alguno.
Por último, contestando a su pregunta sobre el registro de la propiedad, siempre que mantenga ambas escrituras no tendrá ningún problema; pero si quiere realizar la modificación, con la que usted no gana nada, le supondrá una serie de costes y problemas. Necesitará el informe del arquitecto sobre la obra, habiendo cumplido esta todas las normativas y le supondrá un coste; pero el problema viene con el cambio de participación de la nueva vivienda en la comunidad de propietarios, que tiene que ser aprovada por la comunidad de propietarios, para con posterioridad poder registrar y modificar las escrituras en registro.
*** Si todo está bien hecho (obra con licencia y manteniendo ambas puertas), no veo riesgo alguno; lo que si que le recomiendo es que confirme con su banco que no habrá problema con la hipoteca, que esté encima del tasador ( por ley puede elegirlo usted, no el banco, y hay que facilitarles su trabajo - Planos detallados de la vivienda, explicación del antes y el después, etc). Si por contra, se eliminó una de las puertas, me reuniría con la comunidad de propietarios para que se vote en junta al menos la situación actual de la vivienda (modificación del rellano), que no la modificación en escrituras de la cuota de participación al pasar de 2 pisos a 1.
Un saludo